Вот уже более 40 лет специалисты Пинежского заповедника непрерывно проводят научные исследования.
В настоящее время территория заповедника является одной из наиболее изученных в регионе. Исследованы особенности её геологии и рельефа, изучены почвенный покров и растительность, проведена инвентаризация сосудистых растений мхов, лишайников, грибов и позвоночных животных. Исследовано биоразнообразие озерных и речных экосистем. Изучение природы Пинежского заповедника проводят сотрудники научного отдела, отдела охраны, а также многочисленные экспедиции научно-исследовательских учреждений Москвы, Архангельска и других городов России.
Научный отдел заповедника был сформирован в 1976 году. Старший научный сотрудник заповедника Александр Рыков, изучает разные группы животных, но основные его объекты — это крупные хищники: медведь, волк, рысь, лисица и копытные. Александр изучает редких в нашей области летучих мышей и бабочку мнемозину, занесённую в Красную книгу Архангельской области.
Олег Дурныкин изучает тетеревиных птиц, околоводных зверей, белку-летягу. С целью изучения бобра он исследовал все озёра и ручьи в центральной и южной части заповедника и реке Сотка.
Ежегодно Пинежский заповедник выпускает научный отчёт. По результатам исследований опубликовано более 500 научных статей, монографии и сборники, научно-популярные книги, защищено 5 кандидатских диссертаций!
